自從4 月中旬美國疾病防制局（Center for Disease Control and Prevention, CDC）鑑定出人類感染新型H1N1流感病毒以來，至7 月底，全球已有10 多萬件確診病例。根據世界衛生組織（WHO）統計，新型H1N1流感的致死率為 0.4~1.6%，遠低於2005 年禽流感的 50%，但仍比季節性流感的 0.1% 高。而日本、巴西等國的研究小組也相繼發現變異的新型H1N1流感病毒，使得相關單位得更加積極為第二波流行疫情做準備。
A型流感病毒
新型H1N1流感屬於A型流感病毒。流感病毒可分為 A、B、C 三種形式，後兩種類型病毒只感染人類，且從未造成全球性的大流行；而A型病毒廣佈在人類及許多種動物身上，包括家禽、豬、馬、人以及其他哺乳動物等，百年來造成的大流行都屬於這類病毒，例如1918 年的 H1N1 流感病毒造成全球約4000 多萬人喪命，1957 年的 H2N2 流感病毒致使 100~400 萬人死亡，1968 年的 H3N2 流感病毒導致 100 萬人喪命。現在全世界每年因流感併發重症人數約 300~500 萬人，平均 25~50 萬人死於流感（包括A、B、C型），其中台灣流感死亡人數每年估計 3000~4000 人。
A型流感病毒的分類方式是由病毒表面的血球凝集素（hemagglutinin, HA，共16 種）以及神經胺酸?（neuraminidase, NA，共9 種）兩種蛋白決定，不同的HA 與NA 可以組成不同的病毒株，H1N1的H 即是指 HA，N 則指 NA。
HA、NA 分別與病毒的複製及感染能力有關。HA 會與某些宿主
細胞的表面受體結合，讓病毒得以進入細胞內複製，而這些受感染
的細胞多半屬於哺乳動物的呼吸道以及禽類腸道；當病毒在細胞內
大量複製後，NA 會切斷病毒與宿主細胞的連結，讓新製造出來的
病毒自由離開原細胞，去感染其他細胞。
病毒突變或重組後的威脅
人、豬、鳥等都是流感病毒的宿主，但同一類病毒通常只會感染一種物種，例如以禽類為宿主的流感病毒，其HA蛋白與人類呼吸道細胞表面常見的受體結合力並不佳，因此不太容易感染人類。過去，能感染人類的流感病毒只有三種H(H1、H2、H3)與兩種N(N1、N2)，但是自1997 年後，H5、H7、H9 均有發生感染人的案例，像H5N1原本只感染禽類，不過由於A型流感病毒的複製過程具有基因快速重組及演化的特性，子代病毒可能因此增加了感染人類的能力。
A型流感病毒大小約100 奈米（1奈米=10-9公尺），其構造是一個脂質構成的球狀膜，膜上嵌著蛋白質（包括HA 與 NA），膜裡有八條獨立的遺傳物質RNA。病毒進入活細胞後，就會指揮細胞合成大量的病毒蛋白質並複製RNA，之後這些蛋白質與RNA組裝起來成為新的病毒。由於病毒RNA的複製過程中沒有修正錯誤的機制，因此相當容易突變。
此外，若宿主的同一細胞同時感染兩種流感病毒時，這兩種病毒的RNA就會在細胞裡混合交換，產生的子代病毒可能含有兩種病毒基因（見下圖）。新型H1N1流感病毒就是因此而包含了豬流感、人流感以及禽流感病毒的基因片斷，成為容易與人類細胞結合並散播的新型病毒。
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| A型流感病毒可經兩條途徑演化。一是複製過程RNA發生突變（粉紅色路徑）；一是兩種不同病毒株同時感染同一個細胞，病毒的RNA在複製時，會混合產生新組合的基因（黃色路徑）。（影像來源：《科學人》2005年12月號） |
A型流感病毒可經兩條途徑演化。一是複製過程RNA發生突變（粉紅色路徑）；一是兩種不同病毒株同時感染同一個細胞，病毒的RNA在複製時，會混合產生新組合的基因（黃色路徑）。（影像來源：《科學人》2005年12月號）
感染者接觸病毒的HA 與NA 蛋白後，體內會產生不同的抗體。不過人類因為從未接觸過H5N1或新型H1N1流感病毒，體內沒有相對應的抗體，一旦感染，免疫系統很容易發動猛烈攻勢，造成不當的免疫反應，而使組織細胞嚴重傷害，甚至死亡。
從過去近百年的大流感分析發現，第一波疫情及死亡率都不高，但第二、三波疫情的死亡率通常會驟升。隨著流感時間拉長、流行區域擴大，再加上秋冬第二波流行可能提早到來，施打流感疫苗成了下一步圍堵新型H1N1流感攻勢的利器，疫苗面世的時間及產量也成為眾所關注的話題。
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| 近百年流感演化圖表，H1N1、H2N2、H3N2型流感都曾造成百萬至千萬人喪命。 |
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