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阿米巴原蟲為原生生物，為真核單細胞的型態。通常在原生生物的分類中分為四綱，分別是孢子蟲綱、變形蟲綱、鞭毛蟲綱和纖毛蟲綱。而阿米巴原蟲為變形蟲綱（肉足綱或根足蟲綱）的一員。大多數變形蟲綱的的原生動物，在惡劣環境時，會轉變為囊體以利生存。所以其生活史為囊體→活動體→囊體，一直不斷的循環下去。且多為自營性生物，少數才會使人致病。阿米巴原蟲依照外形、核的型態及囊體的大小和形狀，大致上可分為四類：I﹒致病性阿米巴（pathogenic amoeba）。II﹒共生性或非致病性阿米巴（commensal or non-pathogenic amoeba）。III﹒致病性自由營生生阿米巴（pathogenic free-living amoeba）。IV﹒嗜糞性阿米巴（coprozoic amoeba）。

感染到阿米巴原蟲後臨床上可分成三種類型：(一)、無症狀囊體帶原者：原蟲在腸道內維持共生的狀態，不具侵入性，或造成疾病。有學者認為這是感染到無病原性之痢疾阿米巴原蟲，也有可能是宿主的因素。無症狀的帶原者每天可排出數百萬個原蟲，而形成主要的感染源。(二)、腸道型阿米巴痢疾：感染的部位主要還是在腸道、尤其是大腸，引起下痢、常會併發血便、腹痛、發燒等症狀。多數阿米巴痢疾發作都是慢慢、持續，偶會見到爆發性的病例，突然發高燒、嚴重腹痛、與腹膜炎、敗血症相似。此類嚴重病況多見於抵抗力不佳、或是小孩、孕婦和營養不良的人身上，此刻危險性大增。(三)、腸道外阿米巴原蟲感染：最常見的情況是阿米巴原蟲穿過腸壁，經由肝門靜脈入侵身體其它地方，主要就如前面的病例，造成阿米巴肝膿瘍，通常會有發燒、體重減輕、腹痛等症狀，感染時間長，不注意的話診斷並不容易，甚至有學者說在感染後2到5個月才會出現症狀。

阿米巴的生活史可成活動體(trophozoite)與囊體(cyst)，一般活動生活時以活動體存在，環境不佳時就會轉變成囊體。寄生型的活動體有偽足可以運動，有入侵能力。但人體外很快死亡，所以不具有感染力。囊體具有厚壁，可在外界環境中存活達數週。而阿米巴痢疾的感染途徑就是病由口入，經由受污染的水或食物傳播，蟑螂或蒼蠅等媒介也都可能攜帶阿米巴。通常需要食入超過一定量的原蟲囊體才會發病。囊體被食入後，在小腸釋放出寄生型的活動體，然後移動到大腸，依賴大腸內的細菌和組織碎片生活。無病原性之痢疾阿米巴原蟲不會侵入腸管，只曾住在腸道內維持共生的狀態。而有病原性之痢疾阿米巴原蟲則會侵入組織、破壞腸管壁引起疾病，結果導致腸壁黏膜潰瘍，當然這些潰瘍大多發生在升結腸和直腸處，造成症狀。若是活動體穿透腸壁進而進入肝門靜脈，就有可能造成腸道外的感染。

臨床上，有經驗的醫師診斷阿米巴痢疾並不困難，但對很少見到這疾病的年輕一輩醫師，要馬上想到這疾病就有些困難了！正確的阿米巴痢疾診斷，有賴糞便檢驗，在新鮮的糞便中可看到有吞噬紅血球的活動體，因要非常新鮮的糞便檢驗，所以常須檢查好幾次才能抓到問題。血清學的檢查若呈陽性反應，只是反應曾感染過阿米巴痢疾，無法區別是現在或是以前感染的，因此只能用來做輔助診斷或是做為流行病學的調查，不可見到抽血檢驗有反應，就認定是阿米巴痢疾。但是令人頭痛的是腸道外阿米巴痢疾患者的糞便中通常看不到原蟲，但然而血清學的檢驗會有強烈的陽性反應，因此有不明原因的發燒、體重減輕要靠腹部超音波來篩檢，而超音波若發現肝膿瘍，也必須跟細菌性的肝膿瘍來鑑別，此刻檢查醫師的經驗就相當重要了！治療上，只要有了正確診斷，給藥就不困難了。目前的治療藥物中還是以metronidazole 最為有效。除少數病例，一般的肝膿瘍患者並不需要以外科引流，吃藥就可以了，但必要時還是需要穿刺生檢來和細菌性膿瘍做區別診斷，或減少破裂的可能。

阿米巴痢疾既然是經糞口傳染，所以注意環境與個人衛生衛生是預防的不二法門，飯前使後洗手是最有效的防範方法，在流行地區傳染，應避免生食蔬菜和喝生水，光是例行的自來水加氟是無法殺死囊體的。